Oroku Karai est devenue la cheffe du clan Foot après la disparition du Shredder. Mais elle a encore fort à faire afin de pouvoir s’affirmer comme une vraie leader, d’autant plus après avoir vécu dans l’ombre de son père et de son grand-père. Rapidement, elle doit faire face à un nouveau clan ennemi, dont le chef assure être le véritable descendant d’Oroku Saki (le Shredder), et par conséquent le dirigeant légitime du Clan Foot. Karai va devoir découvrir la vérité sur les origines de sa famille pour pouvoir défaire ce formidable adversaire.